《神奇宝贝第二部国语版》讲述和以往的剧情不同之处在于故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区。而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛。故事中的反面角色由火箭队二人组增加到火岩队和水舰队。相比略带搞笑色彩的火箭队，火岩队和水舰队则显得更加专业。小智等人与其对抗，并见证超古代神奇宝贝力量的经历也成为了故事的另外一条线索。  在此系列中，小智和无印篇的女同伴小霞分别，并和从橙华市出发的新手训练家小遥一同旅行。小遥本来只愿意旅行，但得知神奇宝贝华丽大赛后，就决定成为协调训练家。 两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。  小遥的弟弟小胜也跟着他们旅行，还带着神奇宝贝领航员。不过，因为小胜年龄不足，所以没有神奇宝贝。小智的顾问，也就是上一部的另一位主角，小刚也在此系列的开端回来。  小智与小刚都以新装登场，小智没有戴着旧帽子，且穿着完全不同的新行装，并且小霞在超世代中客串时，也穿着新装。 超世代系列的程式与无印篇分别比较大。在关都与城都地方，小智有遇见又收服到那地区的三只初学者神奇宝贝。但在此系列中，小智收服到的初学者神奇宝贝只有木守宫。加之和橘子群岛与城都地方不似，小智把他所收服的神奇宝贝留在大木博士的研究所，只打算带着皮卡丘。另外，在这系列，小智也没有主要的劲敌。