《魔法禁书目录第三季》讲述从东京都西部被分割出来的这座都市中，超能力开发被列为学校课程的一部分（学生作为人体科学实验对象）。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力（level 0）到超能力（level 5）。故事的主角上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，他的能力是能够将一切异能之力无效化。他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为幻想杀手。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故，导致自己一直过著不幸的生活。某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位修女；这位少女自称自己的名字叫茵蒂克丝，并是从魔法的世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。就这样，掌握了十万三千本究极魔法书的少女与拥有抹杀一切奇迹的神上之手的少年，将面临一系列故事魔法禁书目录第三季动画全集改编自镰池和马执笔、师灰村清孝负责插画的轻小说。