《少女杀手》讲述前作《AKite》的故事结束几年之后，宇宙空间站中，各位队员边吃着宇宙食品边抱怨食品的难吃，宇航员野口折外也是其中的一员。过几天是他女儿野口百合花的生日，他托付营养员土井光一将礼物寄送给女儿。地球上，警员我贺伦追捕连续杀人犯追音香衣，后者被迫躲入女厕并劫持了一名人质。正当我贺伦对胶着的情况左右为难之际，一位少女从暗处出现，开枪击毙了追音香衣。谁也不知道，这两件看似无关的事件，有紧密的关联，宿命的轮盘开始转动。